No entanto só em 1986 e após vários anos de ausência do Basquetebol como prática organizada, a modalidade voltou à Cidade.

E foi no seio da União Desportiva de Santarém que se deu a reimplantação do Basquetebol primeiro com a introdução desta modalidade no Clube e a 26 de Junho desse ano com a constituição formal da Secção de Basquetebol.

Na época 1986/87 o Clube inscreve-se pela primeira vez em provas oficiais tendo inclusivé participado nesse ano no Campeonato Nacional Masculino da IIIª Divisão e logrado obter  a subida á IIª Divisão. 

A dedicação e o esforço de alguns, durante muitos anos possibilitou o crescimento da modalidade e tornou-a numa das bandeiras desportivas da cidade de Santarém, fruto de anos d'ouro onde a União Desportiva de Santarém conseguiu obter vários títulos Nacionais com especial destaque para os Campeonatos Nacionais da 1ª Divisão Feminina em 1992/93 e 1995/96, para as Taças de Portugal em 1992/93, 1993/94, 1996/97 e 1997/98 e o Campeonato Nacional de Cadetes Femininos em 1991/92.

No entanto e dadas as dificuldades em que a União Desportiva de Santarém estava a viver, tornou-se cada vez mais problemática a manutenção desta modalidade na estrutura organizativa daquele Clube, fundamentalmente porque o Basquetebol continuava com sede de crescimento.

E assim em 12 de Agosto de 1998, dá-se o inevitável - um grupo de pessoas, originárias da então Secção de Basquetebol da União Desportiva de Santarém, lideradas por um vasto numero de pais de jovens que vinham fazendo a sua formação desportiva nesta modalidade, apercebendo-se que era necessário alterar a situação existente por forma a que a modalidade continuasse a ter a sua área de intervenção, decidiu constituir através de escritura pública este novo Clube, exclusivamente virado para a prática do Basquetebol.
E já na época desportiva 1998/99 o Santarém Basket participa pela primeira vez nas competições federadas, com escalões de formação apenas.

Mais tarde a 15 de Junho de 2000 o Santarém Basket adquire à União Desportiva de Santarém todos os direitos desportivos que o mesmo detinha ainda no Basquetebol Senior Feminino.

Por tal facto, é esta época que consideramos ser a de emancipação da modalidade e a época de afirmação do Clube, abrindo-se assim o espaço necessário para que o mesmo inicie a implementação da filosofia para que foi criado: formar jovens para a prática do basquetebol na cidade e na região de Santarém, assim como integrar-se na vida comunitária da mesma, através da realização de outras actividades socio-culturais.